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十年探路:清華“魔鏡”解析生命奧秘

2021-04-22 09:32:00
來(lái)源:新華社
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  新華社北京4月21日電(記者全曉書 李宓 高蓓)生命離不開(kāi)蛋白質(zhì)。如何使用和發(fā)展先進(jìn)技術(shù)手段來(lái)觀測(cè)這些納米級(jí)別的小小世界,一直是科學(xué)界聚焦的前沿領(lǐng)域。

  2011年,中國(guó)開(kāi)始籌建國(guó)家蛋白質(zhì)科學(xué)研究設(shè)施,清華大學(xué)作為該設(shè)施的一個(gè)重要基地,在過(guò)去十年里建成了世界上領(lǐng)先的冷凍電子顯微鏡(以下簡(jiǎn)稱“冷凍電鏡”)平臺(tái)。借助這一優(yōu)勢(shì),中國(guó)科學(xué)家在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)研究領(lǐng)域取得了很多舉世矚目的成就。

  比如,著名結(jié)構(gòu)生物學(xué)家施一公帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)對(duì)細(xì)胞核內(nèi)負(fù)責(zé)遺傳的剪接體進(jìn)行了一系列研究,成果連續(xù)登上國(guó)際頂級(jí)期刊;清華大學(xué)教授隋森芳帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)將植物捕獲光能的蛋白質(zhì)復(fù)合體的重要結(jié)構(gòu)解析出來(lái)。

  “人體里有幾十萬(wàn)種不同的蛋白質(zhì)、核酸以及它們所形成的復(fù)合體,它們就像一臺(tái)臺(tái)很小的分子機(jī)器。如果能夠搞清楚它們由哪些零件組成,以及這些零件如何裝配,對(duì)于理解分子機(jī)器本身怎樣工作,以及如何維修故障機(jī)器都有重要意義!鼻迦A冷凍電鏡平臺(tái)主要建設(shè)者、清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院院長(zhǎng)王宏偉說(shuō)。

  本世紀(jì)頭十年,冷凍電鏡還是一門不被看好的小眾技術(shù)。正是在這一時(shí)期,清華決定起步建設(shè)冷凍電鏡平臺(tái),為中國(guó)生命科學(xué)的發(fā)展贏得了寶貴先機(jī)。

  “現(xiàn)在看來(lái),這是一個(gè)非常重要的決定,對(duì)于過(guò)去十年中國(guó)在冷凍電子顯微學(xué)這個(gè)領(lǐng)域處于世界較為領(lǐng)先的地位,發(fā)揮了十分重要的作用!蓖鹾陚フf(shuō)。

  冷凍住生命的奧秘

  上世紀(jì)三十年代,世界上第一臺(tái)電子顯微鏡問(wèn)世,科學(xué)家自此可以觀察到細(xì)胞內(nèi)部結(jié)構(gòu)。然而,在觀察蛋白質(zhì)大分子等天然狀態(tài)的生物樣本時(shí),電子顯微鏡卻無(wú)能為力。

  王宏偉解釋說(shuō),生物樣品含水,但電子顯微鏡內(nèi)部一般為高真空狀態(tài),生物樣品放置其中,水分會(huì)很快蒸發(fā)!斑@就好比我們觀察木乃伊,看到的并不是人體的天然狀態(tài)。”

  上世紀(jì)七八十年代,科學(xué)家逐漸發(fā)展出冷凍電鏡技術(shù),但離成熟應(yīng)用還有很大差距。結(jié)構(gòu)生物學(xué)家更多使用X射線晶體學(xué),但問(wèn)題是很多復(fù)雜大分子物質(zhì)難以獲得晶體。

  過(guò)去十幾年,冷凍電鏡技術(shù)不斷進(jìn)步,猶如向厚重的生命迷霧投下了一束光。2017年,三位發(fā)展冷凍電鏡技術(shù)的科學(xué)家被授予諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)。

  “我們把生物大分子溶液滴在直徑只有3至4毫米的金屬載網(wǎng)上,形成一層非常薄的水膜,然后在毫秒之間把它冷凍到液氮溫度(-196℃以下)。因?yàn)樗俣确浅?,生物樣本里的水分無(wú)法結(jié)晶,也來(lái)不及蒸發(fā),而是形成一層薄冰。我們?cè)侔堰@樣的樣本保持低溫放置在電子顯微鏡下觀察,就可以獲得它們的內(nèi)部結(jié)構(gòu)了!蓖鹾陚フf(shuō)。

  新冠疫情暴發(fā)以來(lái),科學(xué)家們憑借冷凍電鏡技術(shù)對(duì)新冠病毒進(jìn)行了一系列重構(gòu)和研究。比如,清華大學(xué)王新泉和張林琦團(tuán)隊(duì)借助冷凍電鏡,解析出新冠病毒表面刺突蛋白受體結(jié)合區(qū)一些關(guān)鍵氨基酸位點(diǎn)的突變。

  “根據(jù)這些位點(diǎn)突變,科研人員可以評(píng)估、改造或設(shè)計(jì)藥物和疫苗,使其特異性更強(qiáng)!蓖鹾陚フf(shuō),服務(wù)現(xiàn)代生物制藥是冷凍電鏡技術(shù)發(fā)展的一個(gè)重要目標(biāo)。

  一輩子一次的機(jī)會(huì)

  回憶起十年來(lái)回國(guó)建設(shè)冷凍電鏡平臺(tái)的經(jīng)歷,王宏偉感慨:自己所得一直超出期望。

  2001年赴美做博士后,2009年成為耶魯大學(xué)助理教授并組建獨(dú)立實(shí)驗(yàn)室,王宏偉原本可以沿著既定軌道早一步實(shí)現(xiàn)自己的學(xué)術(shù)夢(mèng)想。2009年底,王宏偉回國(guó)探親,在母校清華遇到了時(shí)任清華大學(xué)生命科學(xué)與醫(yī)學(xué)研究院副院長(zhǎng)施一公教授和自己的導(dǎo)師隋森芳院士,兩位邀請(qǐng)他回國(guó)建設(shè)一個(gè)世界頂級(jí)冷凍電鏡中心。

  2009年,亞洲首臺(tái)冷凍電鏡在清華安裝落成,但這項(xiàng)技術(shù)的走向尚不明朗。西方同行甚至質(zhì)疑,冷凍電鏡設(shè)備未來(lái)有沒(méi)有人用?

  “確確實(shí)實(shí),我經(jīng)過(guò)認(rèn)真的思考。一個(gè)世界頂級(jí)的冷凍電鏡中心,對(duì)我有很大的吸引力,可能是一輩子才有一次的機(jī)會(huì)。”這位從1996年進(jìn)入清華讀博就一直從事冷凍電鏡研究的科學(xué)家回憶說(shuō)。

  2011年,王宏偉辭去耶魯大學(xué)的工作,回到清華,從人員到設(shè)備,從頭籌備。

  2014年,清華基地冷凍電鏡設(shè)備基本到位,中國(guó)一躍成為這一領(lǐng)域的領(lǐng)頭羊。更令王宏偉高興的是,恰恰就在這一時(shí)期,冷凍電鏡技術(shù)從硬件到軟件的多方面突破大大提升了這一技術(shù)的效率和精度。

  在技術(shù)革新浪潮帶動(dòng)下,清華冷凍電鏡平臺(tái)主管雷建林教授開(kāi)發(fā)了一套數(shù)據(jù)自動(dòng)收集軟件。“之前,研究人員要坐在顯微鏡前一張一張手動(dòng)去拍照片,每一張都要人工調(diào)好相關(guān)參數(shù)。一個(gè)項(xiàng)目收集一套數(shù)據(jù),需要拍攝幾百到上千張照片,科研人員在顯微鏡前一坐就要好幾天!蓖鹾陚フf(shuō)。

  “現(xiàn)在,只要花兩三個(gè)小時(shí)挑選樣品、設(shè)置參數(shù),后邊的事情就可以全部交由計(jì)算機(jī)自動(dòng)完成,不僅提高了效率,而且顯微鏡的穩(wěn)定性也更強(qiáng)!彼f(shuō)。

  花時(shí)間磨自己的刀

  目前,清華冷凍電鏡平臺(tái)共有十多臺(tái)設(shè)備,包括4臺(tái)300千伏的高端設(shè)備,所有設(shè)備24小時(shí)滿負(fù)荷運(yùn)轉(zhuǎn),每個(gè)月可以完成兩三百個(gè)項(xiàng)目的數(shù)據(jù)采集。

  “即使這樣,還不足以滿足需求。我們面對(duì)的用戶從原來(lái)的結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域拓展到細(xì)胞生物學(xué)、甚至神經(jīng)生物學(xué)領(lǐng)域,未來(lái)可能會(huì)有臨床醫(yī)生使用我們的設(shè)備。所以需求會(huì)越來(lái)越大!蓖鹾陚フf(shuō)。

  清華冷凍電鏡平臺(tái)不僅面向國(guó)內(nèi)用戶,而且從建設(shè)之初就向全球開(kāi)放。過(guò)去十年來(lái)已為來(lái)自美國(guó)、英國(guó)、日本和新加坡等世界各地的科研團(tuán)隊(duì)提供服務(wù)。

  “清華基地幾乎每年都會(huì)組織一到兩場(chǎng)面向全球的技術(shù)培訓(xùn)班或?qū)W術(shù)交流會(huì),很多人通過(guò)我們的培訓(xùn)班和學(xué)術(shù)會(huì)議,對(duì)冷凍電鏡技術(shù)有了更多的了解,為建設(shè)他們自己的冷凍電鏡中心和更好地使用冷凍電鏡技術(shù)打下了很好的基礎(chǔ)!蓖鹾陚フf(shuō)。

  不過(guò),王宏偉很清楚,想要保持創(chuàng)新的優(yōu)勢(shì)和活力,僅靠增加幾臺(tái)設(shè)備是不行的,還需要克服一個(gè)重大短板——中國(guó)目前還沒(méi)有能力生產(chǎn)自己的冷凍電鏡設(shè)備。中國(guó)所有科研單位使用的冷凍電鏡設(shè)備,小到一個(gè)螺絲釘,大到最復(fù)雜的電子槍元件,全部來(lái)自國(guó)外廠家。

  “這也是我們一直在思考的問(wèn)題。”王宏偉指出,他的團(tuán)隊(duì)一直在研究開(kāi)發(fā)原創(chuàng)性的冷凍電鏡技術(shù)和方法,包括創(chuàng)新型的儀器和設(shè)備。

  中國(guó)“十四五”規(guī)劃和2035年遠(yuǎn)景目標(biāo)綱要要求把科技自立自強(qiáng)作為國(guó)家發(fā)展的戰(zhàn)略支撐。

  王宏偉認(rèn)為,研發(fā)具有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的冷凍電鏡工具和方法,應(yīng)該成為下一步布局的重點(diǎn)!耙郧,我們從別人那兒買刀,砍柴的成果很明顯,F(xiàn)在,我們要花時(shí)間磨自己的刀,去砍更多的柴、更好的柴!(參與采寫:陳昊佺、吳夢(mèng))

[責(zé)任編輯:楊永青]